Implanté sur un coteau en éperon, entre la rive gauche de l’Huisne et le tracé de la voie antique Le Mans – Chartres, le village de Villaines tire son nom du latin Villa, qui signifie, en français, vaste exploitation agricole et de l’anthroponyme Gonais renvoyant au nom du possesseur de ce vaste domaine : Guillelmus Gonas.
Quelle que soit l’ancienneté de Villaines, son histoire est mieux connue à partir du Moyen-Age, époque où l’agglomération se développe à flanc de colline, autour de l’église mentionnée pour la première fois en 1257.
Si l’église Saint-Hilaire est probablement d’origine romane, l’édifice actuel est le résultat de deux principales campagnes de travaux aux XVIe et XIXe siècles.
En effet, au XVIe siècle, l’église est rénovée et agrandie, la nef et le clocher prennent leur allure actuelle et une chapelle est construite, au nord, en 1542. La restauration réalisée au XIXe siècle, vers 1875-1884 ne modifie pas les volumes mais les maçonneries sont reprises et consolidées. Le décor est également remis au goût du jour, faisant ainsi disparaître des traces du passé, à l’image des restes de vitraux anciens.
A l’époque médiévale, la paroisse compte plusieurs fiefs parmi lesquels La Roche, siège de la seigneurie de paroisse, situé entre l’église et le cimetière. Ce lieu, comprenant encore actuellement des bâtiments anciens, est mieux connu à Villaines comme l’ancien presbytère, fonction qui lui est affectée après son rachat par la commune, de 1845 au second quart du XXe siècle.
En outre, le fief de Tréfoux est d’origine très ancienne puisqu’il est mentionné, associé à une forêt du même nom au Xe siècle. S’il comprenait au Moyen-Age les attributs des domaines seigneuriaux que sont les bois, garenne, pigeonnier, moulin, métairie et manoir, Tréfoux décline peu à peu, au fil de rattachements successifs à différentes seigneuries, avant d’être définitivement englobé, en 1784, dans le domaine de Beauchamp dont il deviendra une simple exploitation agricole.
A l’inverse, Beauchamp, mentionné d’abord aux XIV et XVe siècles sous la forme de deux métairies du Petit et du Grand Beauchamp va prendre de l’importance à partir de la fin du XVIe siècle. L’histoire évolue alors en faveur du Petit Beauchamp qui perdra son qualificatif à une date indéterminée mais probablement après la construction d’une maison seigneuriale entre 1599 et 1608 suite à son acquisition par Renault Rouillet, lieutenant général du Maine au siège de La Ferté-Bernard.
Les bâtiments sont ensuite agrandis et remaniés plusieurs fois avant d’être détruits et remplacés par le château actuel dans la seconde moitié du XIXe siècle. Cette nouvelle construction de style éclectique emprunte ses formes à l’architecture gothique et Renaissance, son répertoire décoratif semble directement inspiré de celui de l’église Notre-Dame-des-Marais à La Ferté-Bernard.
Dans la seconde moitié du XIXe siècle, la population s’accroit progressivement pour atteindre son maximum de 558 habitants en 1876. A cette époque, les habitants vivent de l’agriculture et de l’artisanat.
La pierre calcaire est exploitée de longue date à Villaines, notamment pour la production de chaux pour la construction et pour l’amendement des terres, cette activité est complétée par l’exploitation de la pierre meulière dans les carrières du « Chailloir », elle est alors exportée en Europe et aux Etats-Unis pour la fabrication de meules. Cette activité pourtant importante à la fin du XIXe siècle est aujourd’hui totalement oubliée.
Aussi au XXe siècle, l’agriculture occupe une place primordiale dans l’économie villageoise, l’élevage conserve une place importante grâce à la présence des prairies de l’Huisne.